Stockage à sec : les champignons ont une forte absorption d'eau. Lorsque la teneur en eau est élevée, ils sont sujets à l'oxydation et à la détérioration, et peuvent également moisir. Par conséquent, les champignons shiitake doivent être séchés avant d’être stockés. Une quantité appropriée d'agents hygroscopiques tels que de la chaux en morceaux ou du charbon de bois sec doit être placée dans le récipient de stockage pour empêcher le retour de l'humidité.

Stockage à basse température : Les champignons doivent être conservés dans un endroit à basse température et aéré. Si possible, le récipient contenant les champignons peut être scellé et conservé au réfrigérateur ou dans une chambre froide.

Conserver à l'abri de la lumière : Les rayons infrarouges de la lumière vont réchauffer les champignons, et les rayons ultraviolets vont déclencher des réactions photochimiques accélérant ainsi la détérioration des champignons. Il est donc nécessaire d’éviter de conserver les champignons sous une lumière intense et de les emballer avec des matériaux transmettant la lumière.

Stockage scellé : La réaction d'oxydation est un processus nécessaire au changement qualitatif des champignons. Si l'apport d'oxygène est coupé, sa détérioration oxydative peut être inhibée. Les champignons peuvent être conservés dans des contenants hermétiques tels que des boîtes de conserve et des bocaux en céramique, et les contenants doivent être recouverts de sacs de nourriture. L'ouverture du récipient doit être ouverte le moins possible et l'air contenu dans le sac de doublure doit être évacué lors du scellement. Si possible, il peut être stocké dans des sacs épuisés en oxygène et remplis d'azote.